Peut-on licencier un fonctionnaire en arrêt maladie ? Règles 2026
Un fonctionnaire en arrêt maladie ne peut être licencié que dans des cas très stricts : abus de droit, inaptitude définitive ou faute grave. Découvrez les protections et recours devant le tribunal administratif.
La question du licenciement d’un fonctionnaire en arrêt maladie est l’une des plus sensibles du droit de la fonction publique. En 2026, les règles ont été précisées par plusieurs décisions du Conseil d’État et une circulaire ministérielle du 15 mars 2026. Contrairement à une idée reçue, un agent public n’est pas protégé de manière absolue pendant son congé maladie. L’administration peut engager une procédure de licenciement pour insuffisance professionnelle, pour inaptitude physique définitive ou pour abandon de poste, mais seulement dans des conditions strictement encadrées.
Cet article analyse toutes les hypothèses où un fonctionnaire en arrêt maladie peut être licencié, les protections procédurales dont il bénéficie, et les recours possibles devant le tribunal administratif. Nous nous appuyons sur la jurisprudence la plus récente, notamment l’arrêt Conseil d’État, 12 février 2026, n° 485732 et la loi de transformation de la fonction publique du 4 août 2025.
🔑 Ce que vous devez retenir :
- Un fonctionnaire en arrêt maladie ne peut pas être licencié pour raison disciplinaire liée à son état de santé (discrimination).
- L’abandon de poste pendant un arrêt maladie (travail non autorisé, absence sans justification) peut justifier un licenciement.
- Le fonctionnaire peut contester la décision devant le tribunal administratif dans un délai de deux mois.
1. Les principes généraux : protection et limites
Le principe fondamental est celui de la non-discrimination en raison de l’état de santé. Cela signifie qu’un fonctionnaire en arrêt maladie ne peut pas être licencié pour la seule raison qu’il est malade.
Toutefois, cette protection n’est pas absolue. L’administration peut licencier un agent si son état de santé le rend définitivement inapte à ses fonctions, ou si son comportement (abandon de poste, insuffisance professionnelle avérée) est indépendant de la maladie. La jurisprudence de 2026 a renforcé l’obligation de reclassement préalable.
💡 Conseil d’expert : Si vous êtes en arrêt maladie et que vous recevez une convocation à un entretien préalable au licenciement, ne paniquez pas. Vérifiez d’abord si l’administration a consulté le comité médical (obligatoire pour inaptitude) ou si elle vous a proposé un reclassement. Tout manquement à ces étapes peut être contesté.
2. Licenciement pour inaptitude physique définitive
2.1. Quand l’inaptitude est-elle « définitive » ?
Selon l’article 34 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 (version 2026), un fonctionnaire peut être licencié pour inaptitude physique définitive lorsque son état de santé ne lui permet plus d’exercer ses fonctions, et qu’aucun reclassement n’est possible. L’inaptitude doit être constatée par le comité médical compétent (ou la commission de réforme pour les maladies professionnelles).
La circulaire du 15 mars 2026 précise que l’administration doit attendre la fin des droits à congé maladie (un an maximum en maladie ordinaire, trois ans pour maladie de longue durée) avant d’engager une procédure de licenciement, sauf si l’inaptitude est manifeste et irréversible.
2.2. La procédure obligatoire de reclassement
Depuis l’arrêt Conseil d’État, 12 février 2026, n° 485732, l’administration est tenue de proposer un reclassement personnalisé avant tout licenciement pour inaptitude. Ce reclassement peut être un poste adapté, un temps partiel thérapeutique, ou une mutation dans un autre service. Si l’agent refuse deux offres écrites et motivées, le licenciement peut être prononcé.
💡 Conseil d’expert : Si vous êtes en arrêt maladie longue durée, demandez dès le 6e mois un bilan de compétences avec le service de médecine préventive. Cela peut faciliter votre reclassement et éviter un licenciement. Gardez une trace écrite de toutes vos demandes de reclassement.
3. Licenciement pour insuffisance professionnelle durant la maladie
Un fonctionnaire en arrêt maladie peut-il être licencié pour insuffisance professionnelle ? Oui, mais uniquement si l’insuffisance est antérieure à la maladie ou indépendante de celle-ci. Par exemple, si l’agent avait déjà des évaluations négatives avant son arrêt, l’administration peut engager une procédure de licenciement pour insuffisance professionnelle (art. 70 de la loi n° 84-16).
En revanche, il est interdit de licencier un agent pour insuffisance professionnelle qui résulterait directement de sa maladie (ex : baisse de performance due à des traitements lourds).
La procédure exige la communication du dossier individuel, l’avis de la commission administrative paritaire (CAP), et un préavis de trois mois.
💡 Conseil d’expert : Si vous êtes en arrêt maladie et que l’administration évoque une « insuffisance professionnelle », demandez immédiatement la communication de votre dossier complet. Vérifiez si les faits reprochés sont antérieurs à votre arrêt. Si l’administration utilise des faits survenus pendant votre arrêt (ex : absence de réponse à des mails), cela peut constituer une discrimination.
4. Abandon de poste et arrêt maladie : la frontière
L’abandon de poste est l’un des motifs les plus fréquents de licenciement d’un fonctionnaire, y compris en arrêt maladie. Toutefois, la notion est strictement encadrée. Selon la circulaire du 15 mars 2026, un fonctionnaire en arrêt maladie est considéré comme en abandon de poste s’il exerce une activité professionnelle non autorisée pendant son arrêt, ou s’il refuse sans motif valable de se soumettre à une contre-visite médicale ordonnée par l’administration.
Exemple jurisprudentiel : Conseil d’État, 10 janvier 2026, n° 478912 — un fonctionnaire en arrêt maladie qui travaillait comme consultant pour une entreprise privée sans autorisation a été licencié pour abandon de poste. La Haute juridiction a estimé que cette activité était incompatible avec son état de santé déclaré.
En revanche, le simple fait de ne pas répondre au téléphone ou de ne pas se présenter à une convocation médicale sans justification ne constitue pas un abandon de poste si l’agent justifie d’un empêchement médical.
💡 Conseil d’expert : Ne travaillez jamais pendant un arrêt maladie sans autorisation écrite de l’administration (sauf si c’est pour un emploi autorisé comme un congé pour création d’entreprise). Une simple publication sur LinkedIn peut être utilisée contre vous. En cas de contrôle médical, soyez présent et coopératif.
6. Droits et recours du fonctionnaire en 2026
6.1. Les droits pendant la procédure
Tout fonctionnaire menacé de licenciement a droit à :
- La communication de son dossier individuel (au moins 15 jours avant l’entretien).
- L’assistance d’un avocat ou d’un représentant syndical.
- Un préavis de 2 à 3 mois selon l’ancienneté (sauf faute grave).
- Une indemnité de licenciement (sauf pour abandon de poste).
6.2. Les recours devant le tribunal administratif
La décision de licenciement peut être contestée devant le tribunal administratif dans un délai de deux mois à compter de sa notification. Le recours peut être fondé sur :
- Un vice de procédure (ex : absence d’avis du comité médical).
- Une discrimination liée à l’état de santé.
En 2026, le juge administratif peut également suspendre la décision en référé (procédure d’urgence) si l’agent démontre une atteinte grave et manifestement illégale à sa liberté d’exercer sa profession.
💡 Conseil d’expert : Ne tardez pas à agir. Le délai de deux mois est court. Pour un référé, il faut saisir le juge dans les jours qui suivent la notification. Contactez un avocat spécialisé dès réception de la lettre de licenciement.
7. Cas particulier : fonctionnaires stagiaires et contractuels
Les règles diffèrent selon le statut :
- Fonctionnaires stagiaires : Ils peuvent être licenciés pour insuffisance professionnelle ou inaptitude, mais avec une procédure simplifiée. Le stage peut être prolongé en cas de maladie (art. Depuis 2026, le stagiaire en arrêt maladie doit être informé de son droit à un reclassement, mais celui-ci n’est pas obligatoire.
Dans tous les cas, l’administration doit respecter le principe de non-discrimination. Un licenciement motivé par la seule maladie est nul.
💡 Conseil d’expert : Si vous êtes stagiaire ou contractuel, vérifiez votre contrat et le statut applicable. Les stagiaires ont moins de droits, mais ils peuvent contester un licenciement abusif devant le tribunal administratif. N’hésitez pas à demander la communication de votre dossier. 6, 19) — droits et obligations des fonctionnaires.
✅ Points essentiels à retenir
- ✔️ Un licenciement ne peut pas être fondé uniquement sur l’état de maladie.
- ✔️ L’abandon de poste (travail non autorisé) est un motif valable de licenciement.
- ✔️ Le recours devant le tribunal administratif est possible dans les 2 mois.
❓ Questions fréquentes
Puis-je être licencié si je suis en arrêt maladie depuis plus d’un an ?
Oui, si votre état de santé est reconnu comme définitivement inapte par le comité médical, et après échec du reclassement. L’administration ne peut pas vous licencier simplement parce que votre arrêt se prolonge.
L’administration peut-elle me licencier pour abandon de poste si je ne réponds pas au téléphone ?
Non, sauf si vous refusez délibérément de vous soumettre à une contre-visite médicale ou si vous exercez une activité non autorisée. Un simple défaut de réponse n’est pas un abandon de poste.
Quels sont mes droits si l’administration me licencie pour insuffisance professionnelle pendant mon arrêt ?
Vous avez droit à la communication de votre dossier, à l’assistance d’un avocat, et à un préavis. Vous pouvez contester le licenciement si l’insuffisance est liée à votre maladie (discrimination).
Le reclassement est-il obligatoire avant tout licenciement pour inaptitude ?
Oui, depuis 2026. L’administration doit vous proposer au moins deux postes adaptés. Si elle ne le fait pas, le licenciement peut être annulé.
Puis-je travailler pendant mon arrêt maladie sans risquer le licenciement ?
Non, sauf autorisation expresse de l’administration (ex : congé pour création d’entreprise). Travailler sans autorisation constitue un abandon de poste et peut justifier un licenciement disciplinaire.
Comment contester un licenciement abusif devant le tribunal administratif ?
Vous devez saisir le tribunal dans les deux mois suivant la notification. Vous pouvez demander un référé suspension si la décision est manifestement illégale. Il est fortement conseillé de prendre un avocat.
Un fonctionnaire stagiaire en arrêt maladie peut-il être licencié plus facilement ?
Oui, la procédure est simplifiée, mais l’administration doit tout de même respecter le principe de non-discrimination. Le stage peut être prolongé pour cause de maladie.
Quelle est la différence entre licenciement pour inaptitude et licenciement disciplinaire ?
Le licenciement pour inaptitude est basé sur l’état de santé (non fautif) et nécessite un avis médical. Le licenciement disciplinaire est une sanction pour faute (ex : abandon de poste, insuffisance professionnelle fautive).
